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Wie programmiere ich in der Bioinformatik mit PERL?

Autoren
Alexander Picker, ELLS und Norbert Müller, Landesinstitut für Erziehung und Unterricht/ZPG Bioinformatik

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Beschreibung
Bioinformatik ist ein neues Forschungsgebiet an der Schnittstelle zwischen klassischer Laborbiologie und Informatik. Nur mithilfe von Computern können Massendaten aus Genom-Sequenzier-Projekten oder DNA-Chip-Experimenten gespeichert und analysiert werden. Spezielle Computerprogramme helfen heute den Wissenschaftlern ihre Arbeit in den Kontext der ständig wachsenden, öffentlichen Datenberge zu stellen. Dieser Kurs ist als Einführung in die Computer-Programmierung, wie sie heute in der Bioinformatik stattfindet, konzipiert worden. Anhand der Programmiersprache Perl lernen Sie, wie man Computer-Programme erstellen kann, die einfache wissenschaftliche Fragestellungen, insbesondere aus dem Bereich der biologischen Sequenzanalyse, lösen können.
Der Kurs richtet sich an Lehrer ohne Vorkenntnisse in der Computer-Programmierung, insbesondere aus den Fachrichtungen Biologie, Biotechnologie, Bioinformatik, Datenverarbeitung, Informatik. Die 10 Block dieses Kurses wurden im Dezember 2003 und Februar 2004 mit grossem Erfolg an der Landesakademie für Fortbildung und Personalentwicklung an Schulen, Esslingen, Deutschland im Rahmen von zwei Lehrerfortbildungsveranstaltungen an einem 'gemischten Publikum erprobt'.
Materialen
Block 1: Das erste Perl Programm – Datenausgabe auf dem Bildschirm
Block 2: Modifizieren der Dateneingabe und Datenausgabe
Block 3: Manipulierung von Variablen
Block 4: Listen in Perl: Daten des Typs Array und Hash
Block 5: Kontrolle des Programmflusses mit Bedingungen und Schleifen
Block 6: Wiederholung and Zusammenfassung der Block 1-5
Block 7: Subroutinen, Funktionen und prozedurales Programmieren
Block 8: Mustererkennung und reguläre Ausdrücke
Block 9: Das erste komplexe Programm – Restrict.pl
Block 10: Das erste komplexe Programm – Restrict.pl
Liesmich: Konfigurierung der Programmierumgebung
Programmtexte: Alle Perl Programme und Quelldaten – (.tgz) (.zip)
