Einfuehrung in der Bioinformatik
Montag 24. November 2008, ExploHeidelberg
JalView Demo
JalView file for Src
sequences used in demo
Easily-aligned sequences (human
and mouse Src) JalView file
Slightly-more
difficult to align sequences (human and dogfish cystic fibrosis
proteins)
By selecting the names of the two sequences within JalView, and then
choosing
Calculate->Pairwise Alignments
And from the result page choosing
"View in Alignment Editor"
you can see an automatically calculated alignment for the pair of
sequences
To make this look like the alignments you loaded initially do:
Format->Wrap
Colour->Pairwise Identity
1. BLAST Search
GLB1_CHLEU in UniProt
(Sequenzen mit hoechste Aehnlichkeit zur unbekannte Sequenzen2.
Charakterisierung der verwandten Proteinsequenz
2. Charakterisierung der verwandten Proteinsequenz
PDB 3D Strukturdatei fuer 1DLY
Proteinsequenzen von 1DLY auf FASTA format
3. Visualisierung von 3D Strukturen mit PyMOL
Ergebnisdateien - Aminosauereklassen:
Die folgende Dateien koennen sie Unterladen und direkt in PyMOL
anschauen - die unterschiedliche Aminosauerenklassen sind schon
gefawrbt wie in die Aufgabe gefragt
A.
Hydrophobisch/Nicht-hydrophobisch
B. Polar/Unpolar
C. Klein/Gross
D.
Aromatisch/Nicht-aromatisch
4. Multiple Sequence Alignment mit ClustalW
Humanes, Schimpansen,
Maus, Ratte, Rind, Huhn, Lachs Hemoglobin Proteinsequenzen Beispiele
Gleiche Sequenzen
von ClustalW Aligned
Zuereck
zur Gibson Team Ausbildungseiten